Ce papier concerne la prévision par modèle nuérique de la réponse dynamique transitoire induite par des chocs sur des structures complexes présentant des incertitudes aléatoires non homogènes. Les méthodes numériques usuelles d'analyse de la dynamique de telles structures dans le domaine BF utilisent des modèles matriciels réduits construits à l'aide des premiers modes propres élastiques . La contribution des modes supérieurs, très sensibles aux erreurs de modélisation conduit à prendre en compte les incertitudes aléatoires de modélisation. C'est par une approche probabiliste non paramétrique récente que l'on construit un modèle matriciel aléatoire des incertitudes. Ce papier présente l'extension de la méthode non paramétrique au cas de structures complexes modélisées par une méthode de sous-structuration dynamique, où chaque sous-structure possède son propre niveau d'incertitudes.